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微衛星標記STR/SSR
來源：萬物生物 發布時間：2021-11-02
微衛星標記STR/SSR
背景介紹
微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重復序列（STR）或簡單重復序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據片段大小分離等位基因進行分析；擴增后的等位微衛星可以用多種方法檢測，傳統方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。閱微基因基于5年的經驗，利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測，結合分子量內標進行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結果也更加精確。
服務項目
１．SSR引物開發
通過富集微衛星序列，開發出20-30條具有一定重復特征的微衛星序列，并且對序列進行多態性和特異性驗證。
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服務編號 |
方法 |
內容說明 |
價格 |
周期 |
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STR01 |
SSR引物開發 |
開發未知基因組序列物種的引物 |
詢價 |
2-4周 |
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STR02 |
SSR引物篩選 |
篩選適合熒光檢測的引物 |
詢價 |
2-4周 |
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STR03 |
引物設計與合成 |
熒光標記引物 |
詢價 |
1周 |
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STR04 |
PCR條件優化 |
單重和多重PCR |
詢價 |
1-2周 |
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STR05 |
PCR擴增 |
熒光或非熒光 |
詢價 |
1-4周 |
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STR06 |
測序儀檢測 |
用測序儀對單色或多色熒光標記DNA 片段進行分離和檢測 |
詢價 |
2-7工作日 |
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STR07 |
原始數據分析 |
將原始數據分析為基因型 |
詢價 |
1工作日-2周 |
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STR08 |
群體遺傳學分析 |
關聯分析、連鎖圖構建等 |
詢價 |
1-2周 |
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STR09 |
AFLP檢測 |
檢測和數據分析 |
詢價 |
2-5工作日 |
２. 引物篩選
選取部分代表性樣本，利用普通引物進行PCR擴增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息（圖1）。
圖1. 用島津MultiNA芯片電泳儀進行引物篩選的結果
３．樣本批量擴增
用帶有熒光標記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴增需求。
４．測序儀檢測
帶有熒光標記的PCR產物進行稀釋后與分子量內標混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，并得到原始數據（fsa文件，見圖2）。
圖2. 應用3730xl測序儀檢測得到的原始圖譜
５．原始數據分析
編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。
圖3. GeneMapper軟件分析后的電泳圖譜
６．群體遺傳學分析
利用生物信息學軟件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）對上述數據進行進一步分析，繪制遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態性等。
送樣要求
細胞（≥106）、組織（≥300mg）、血液（≥1mL）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）；引物信息、片段長度范圍、瓊脂糖電泳圖等。
提供結果
引物、微衛星分析的原始數據以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結果等。
成功案例
到目前為止，我公司與上百家科研機構建立合作，進行過多個物種的引物開發、多態性分析、種系鑒定和連鎖圖譜構建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、馬、犬、牛、大熊貓、魚、蝦、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜蟲、瓢蟲、小麥、玉米、大豆、棉花、楊樹、蘋果、葡萄和真菌等。
【一站式整體科研服務，成就更高水平的科研成果】
標書基金實驗咨詢 表觀遺傳組學分析
課題實驗結題指導 細胞分子功能驗證
實驗培訓文章潤色 動物模型裸鼠成瘤
臨床檢測科研轉化 病理染色分子互作